ووفقا للمادة 2 من القانون يدير كل هيئة من الهيئتين مجلس إدارة، يشكل في الأولى من بطريرك الكنيسة الكاثوليكية رئيسا، وأثنى عشر عضوا نصفهم من المطارنة والنصف الآخر من ذوي الخبرة من الطائفة ذاتها.

ويشكل في الثانية من رئيس الطائفة الإنجيلية رئيسا، وأثنى عشر عضوا نصفهم من رجال الدين، والنصف الآخر من ذوي الخبرة من الطائفة ذاتها.

ويصدر قرار من رئيس الجمهورية بتعيين مجلس إدارة كل هيئة بناء على ترشيح البطريرك لأعضاء الهيئة الأولى ورئيس الطائفة لأعضاء الهيئة الثانية، ويحدد القرار مدة مجلس الإدارة.

وينتخب مجلس إدارة كل هيئة في أول انعقاد له وكيلا وأمين سر، ويرأس البطريرك اجتماعات مجلس إدارة الهيئة الأولى، ويرأس رئيس الطائفة اجتماعات مجلس إدارة الهيئة الثانية، وعند غياب الرئيس يحل محله الوكيل، على أن يتولى مجلس إدارة كل هيئة في أول اجتماع له وضع لائحته الداخلية التي تنظم طريقة عمله.

وتنص المادة 3 علي أن يتولى الجهاز المركزي للمحاسبات فحص حسابات الهيئتين ومراجعتها وتقديم تقرير سنوي إليهما بنتيجة هذا الفحص.

وتلتزم وفقا للمادة 4هيئة الأوقاف المصرية وهيئة أوقاف الأقباط الأرثوذكس وكل جهة أخرى تحت يدها أوقاف يثبت من مستنداتها أنها من أوقاف الكنيسة الكاثوليكية أو الطائفة الإنجيلية أن تسلمها إلى الهيئة المختصة بها مصحوبة بتلك المستندات فور العمل بهذا القانون، ويئول إلى الهيئة المحال إليها الوقف كل ما كان للجهة المحلية من حقوق وما عليها من التزامات في شأنه، وذلك من تاريخ الإحالة.